充分發揮GC/MS聯用技術的優勢，分離是定性的關鍵。質譜定性專一性好的前提是得到正確的質譜譜圖。同一樣品，分離條件不同，可能鑒定出上百個成分，也可能只鑒定出幾十個成分。定性個能只依靠質譜譜庫檢索。分離不好得到的質譜圖不可靠，不僅檢索匹配率可信度低，對質譜圖進行解析也有困難。色譜的保留時間以及與樣品相關的一系列信息都是定性的重要依據。實際上未知化合物鑒定有兩種不同的含義:一是待測樣品中已知結構化合物的鑒定(目標化合物或可疑化合物);另一種是待測樣品中是否發現新的未知結構化合物。后者是一個較大的分析課題，需要有其它輔助方法鑒定，終還需合成驗證。
高難度的不確定的未知成分分析對每一個實驗室都是一種挑戰。如果不強調，可能會被忽略的因素是，任何實驗室都很少有*未知的東西。通常都會掌握一些與待分析樣品相關的知識，在解釋過程中所使用的技術常常要依賴它們。特別是對樣品的基本了解，以及各種化合物的特性。解釋過程需要歸納和演繹推理，從一般的或普遍的規律和假設概括總結出特殊的結論。例如，不知道自然界中元素的同位素比值，就不可能由同位素離子豐度比推導元素組成。從測得的數據和推導的特殊結論及必要的資料總結得到有效的結果。終根據分子量、元素組成和碎片離子等信息推出待測物的相應結構。
復雜成分的定量分析，采用簡單的峰面積歸一方法給出定量結果時，要非常小心!這種定量結果不是不能使用，例如，同一種中草藥，不同產地的樣晶中，同一成分的含量之間的差別，可以用這種定量方法說明問題。但是有人*忽略了不同類型化合物響應因子的差別，沒有前提條件也不作任何說明。樣品中不同成分的定性結果，已表明是性質*不同的化合物，卻使用相對峰面積大小的定量數據，討論各成分含量的高低。
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